Au centre, la Grande plage située entre Nouamghar et Nouakchott est une zone de migration d'espèces.
Au sud, le Bas Delta, zone estuarienne, correspond à un milieu important pour de nombreuses espèces marines puisqu'elles sont soit des zones de reproduction soit des zones de grossissement des juvéniles.
Cette richesse halieutique est due en grande partie à la topographie de la côte d'une part et à un ensemble de facteurs hydrodynamiques et climatologiques dominants d'autre part. La zone maritime mauritanienne constitue un carrefour des eaux froides du courant des Canaries et des eaux chaudes du Courant de Guinée. Elle est aussi le siège de phénomènes de remontée d'eaux froides (upwelling) qui remettent en suspensions les éléments nutritifs.

Avec la présence d'une sécheresse persistante, la Mauritanie est confrontée à un exode massif vers les villes littorales. Au nord, la baie du Lévrier, milieu semi-fermé, fait l'objet de fortes pressions liées au développement économique et urbain de la ville de Nouadhibou, avec la présence de ports maritimes et industriels (pêche, minerais, hydrocarbures,). Un recensement effectué en 1996 notait une série de sources de pollutions importantes dans la baie de Cansado : absence de traitement pour le rejet de eaux usées des usines de transformation, rejets d'égouts (ville, port autonome, polyclinique), rejets de la centrale électrique (eaux chaudes et souillées), rejets de l'industrie minière, rejets divers des activités portuaires (huiles, carburants, eaux de ballast). Aussi, on note la présence d'une autre source de pollution extrêmement importante qui provient des nombreuses épaves abandonnées dans la baie dont 36 sont jugées « dangereuses ».

Au centre, la plage de Nouamghar àNouakchott est confrontée à plusieurs menaces dont le trafic automobile reliant Nouadhibou et Nouakchott, le projet de construction du port de Tanitt et le projet de l'aéroport international de Jreida, la présence du Port de l'Amitié de Nouakchott, le développement important d'activités de pêche centrées sur Nouakchott, la prospection pétrolière, le développement de l'industrie touristique balnéaire et l'exploitation délibérée du cordon dunaire.

Au sud, l'écosystème du Bas Delta a été considérablement modifié depuis la construction du barrage de Diama pour la retenue de la langue saline. Ces modifications sont bien observées au niveau terrestre avec la disparition d'espèces végétales et la prolifération d'espèces invasives. Sur le milieu hydrique, les effets sont mal connus. On peut mentionner la perturbation des cycles vitaux (modifications de circuits migratoires) et la raréfaction de certaines espèces de poissons.

Considérée comme une priorité des politiques de pêche pour son rôle économique et social, la pêche artisanale a connu un grand développement. Ce développement (sans systèmes d'épuration et d'assainissement des déchets liquides et solides, sans routes…), s'il n'est pas contrôlé, risque de poser des problèmes environnementaux. En effet, l'installation et le développement et/ou la prolifération des villages de pêcheurs le long de la côte créent des agressions multiples aux écosystèmes du littoral.

Par ailleurs, les perspectives de l'exploitation pétrolière risquent aussi de porter un énorme préjudice au littoral mauritanien si des mesures draconiennes de prévention ne sont pas rapidement prises. Située près des zones sensibles, cette exploitation peut occasionner des dégâts environnementaux irréversibles.

Le tourisme fait l'objet depuis quelques années d'attention particulière de la part des pouvoirs publics. En effet, certains sites situés sur le littoral, en particulier le Banc d'Arguin, voient la pression touristique augmenter. Les projets d'investissement dans l'industrie touristique se sont multipliés, avec des risques majeurs d'inadéquation avec les caractéristiques de ces sites.

La Baie du Lévrier est moins vaste. Certains auteurs la considèrent aussi comme une zone de reproduction des espèces. La zone du Cap Blanc est classée « réserve satellite du PNBA » à cause de la proximité de la colonie des phoques moines. Cette colonie abrite la plus importante population au monde de Monachus monachus, espèce en danger de disparition. Cette colonie a été frappée en 1997 par une catastrophe qui l'a réduite de moitié.